O Museu de Arte Sacra, inaugurado em 23 de Outubro de 1996, está localizado no recinto interior das Ruínas de S. Paulo onde outrora se encontrava a imponente Igreja da Madre de Deus. Entre 1990 e 1996, procedeu-se a escavações arqueológicas e a obras de restauro de forma a converter a antiga Capela-Mor da Igreja em espaço museológico.

No centro da Cripta, sobre a rocha de granito, vêem-se os restos de uma sepultura, provavelmente a do fundador do Colégio, o Padre Alessandro Valignano. Nas paredes laterais, estão expostas as relíquias dos Mártires do Japão e do Vietname. Na sala adjacente à Cripta foi instalado o Museu de Arte Sacra, onde se podem encontrar objectos de valor histórico e artístico das várias igrejas e conventos de Macau, nomeadamente crucifixos, peças de estatuária, alfaias litúrgicas, etc. Entre as pinturas expostas destaca-se São Miguel Arcanjo por ser a única obra do antigo Colégio de S. Paulo que chegou até nós, após o incêndio de 1835.

Do importante papel que Macau teve desde o século XVII na actividade missionária do Extremo Oriente, decorre o significado histórico deste espaço onde outrora se ergueram a Igreja da Madre de Deus e o Colégio de S. Paulo. As Ruínas de S. Paulo, o vestígo mais imponente e visível da Igreja da Madre de Deus, é um dos elementos do Centro Histórico de Macau que, em 15 de Julho de 2005, foi oficialmente inscrito na Lista do Património Mundial da UNESCO.