Bila sejarah Macau benar-benar terhubung dengan laut maka tak ada tempat yang lebih baik bagi Museum Kelautan selain Square of the Barra Pagoda, yang didedikasikan kepada dewi agama Tao "A-Ma", pelindung dari para nelayan dan juga dipercaya sebagai tempat di mana para orang Portugis mendarat di Macau untuk pertama kalinya. Tempat tersebut kemudian disebut "A-Ma Gao" (Pelabuhan A-Ma) pada saat itu – yang kemudian nama itu menjadi "Macau". Tepat di lokasi inilah Museum Kelautan berada dengan gedungnya yang berbentuk seperti kapal layar yang sedang berlabuh di perairan Inner Harbour.

Di lantai dasar pengunjung dapat menemukan tradisi dan gaya hidup dari para nelayan di Macau dan China Selatan: terdapat beberapa jenis kapal, peralatan dan cara memancing, macam-macam ikan dan kerang yang hidup di perairan ini dan bahkan sebuah tiruan rumah nelayan, di mana seluruh keluarga bisa dilihat sedang berbagi tugas sebelum atau sesudah kegiatan memancing.

Pengunjung dipersilakan untuk menyaksikan "Teater A-Ma Kecil" yang dengan ceria mempertunjukkan legenda Sang Dewi dalam bahasa Portugis, Canton, Mandarin dan Inggris.

Di Mezzanine pengunjung dapat menemukan 14 kapal tradisional Portugis, termasuk catatan tentang asal dan fungsinya, bersama dengan model-model cantik dari kapal Sagres dan Crioula.

Lantai pertama secara khusus didedikasikan untuk Great Discovery Trips, terutama menekankan di Sejarah Kelautan China dan Portugal karena lautlah yang telah mempertemukan kedua peradaban ini. Perjalanan dari Laksamana Cheng He dipertunjukkan dengan menarik. Saat Dinasti Ming (abad ke-15) Cheng He melihat India dan Arab dari laut dan mencapai pantai timur Afrika. Rute-rute dari Penemuan Portugis pada abad ke-15 dan 16 juga ditunjukkan, bersama dengan contoh dari produk-produk perdagangan saat itu: teh, rempah-rempah, porselen, sutra...

Salah satu bagian menampilkan peralatan navigasi teknis, termasuk yang digunakan oleh bangsa Portugis seperti cross-staff (alat untuk menentukan garis lintang dengan mengukur ketinggian matahari atau bintang utara), dial dan astrolabe (alat untuk menentukan lokasi dan posisi dari benda-benda langit, seperti matahari, bulan, bintang dan lain-lain) dan yang digunakan oleh bangsa China (kompas, roda penyeimbang kapal dan dinding samping).

Mengikuti ruang ini, adalah lantai dua yang didedikasikan untuk Teknologi dan Transportasi maritim dan menggambarkan bagaimana Macau terhubung dengan lautan saat ini. Beberapa alat tradisional bisa diperhatikan sisi demi sisi dengan replika kapal terbaru, sebagai contoh adalah jetfoil yang belakangan ini menghubungkan Macau dengan Hong Kong. Perhatikan secara seksama pada layar monitor yang membuat pengunjung dapat mengetahui rincian cuaca Macau, khususnya pada saat musim topan di mana evolusi dari kejadian alam ini dapat diteliti. Selain itu, pengunjung bisa melihat langit di atas Northern Hemisphere, yang memperlihatkan betapa pentingnya astronomi dalam navigasi. Melalui interaksi, pengunjung dapat menemukan konstelasi yang berbeda, termasuk yang mewakili dirinya sendiri

Dalam perjalanan keluar pengunjung akan melewati galeri akuarium yang memperlihatkan dasar laut, perairan pelabuhan, karang koral dan puing-puing kapal yang pernah tenggelam di sana.

Di luar museum pengunjung akan menemukan beberapa perahu naga asli seperti yang biasa digunakan dalam Festival Perahu Naga.