海事博物馆的主题不但反映了澳门历史与大海之间的密切联系，还有系统地阐述了中国和葡萄牙在海事方面的历史，说明了大海对人类及文化所具有的重要性。

博物馆的所在地相信是当年首批葡萄牙人登岸的地方。在这里，人们可静静地观赏河流及紫烟袅绕的妈阁庙，庙内供奉的娘妈女神是渔民信奉的保护神，而阿妈阁（A MA KAO）后来成了澳门葡文名字的起源。

博物馆就像一艘扬着白帆的三桅船，停泊在妈阁庙前。地下的展厅主要介绍中国南部及澳门渔民的生活情况。展品包括各种中式帆船、内港鱼栏、说明各种捕鱼的方法等等。

在这一层，很多人都被“妈阁庙的故事”这个活动舞台吸引，它把妈祖保护人们安全到达濠镜海港的美丽传说生动地呈现在观众的眼前。

进入一楼展览厅，令人仿如置身在航船的甲板上，像华士古达伽玛（Vasco da Gama）、欧维士（Alvares）和郑和他们一样，威风凛凛地指挥着船队在惊涛骇浪的大海上乘风破浪，展开一次又一次的探险，这些航程不单拓展了欧亚之间的贸易往来，更重要的是拓阔了人类的世界观。

博物馆顶楼的展品与航海技术及海上交通工具有关。一座代表北半球的天空模型展示了观星对航海的重要性，并透过互动的模式，参观者可找到不同的星宿，其中包括自己的星座。此外还有电子天气指南，提供每日天气及空气质量的资料。

如果您对贝壳或海洋鱼类感兴趣的话，就应该去水族馆看看。这里色彩斑斓的海洋鱼类和种类繁多的贝壳真是令人留连忘返。