Museum Holy House of Mercy yang dibuka pada tahun 2001, memiliki koleksi religious Katolik Macao yang tak ternilai, beberapa di antaranya berasal dari abad ke-16, yang mencerminkan kesaksian tentang sejarah budaya Barat yang diperkenalkan ke China melalui Macao.

Di tempat ini, terdapat barang-barang yang berkaitan langsung dengan sejarah Holy House, terdapat naskah asli Perjanjian Holy House of Mercy Macao dengan aksen alami yang bertulisan tangan dan dari tahun 1662, yang diyakini sebagai arsip tertua di Holy House of Mercy, lembaga yang didirikan beberapa tahun sebelumnya, pada tahun 1569 oleh Uskup pertama di Macao, D. Belchior Carneiro.

Bagian lainnya yang berhubungan dengan sejarah antara lain: tengkorak D. Belchior Carneiro dan Salib yang dikuburkan bersamanya; lukisan minyak D. Belchior Carneiro dari abad ke-18; dan lonceng perunggu dari Rumah Sakit S. Rafael yang lama.

Fitur museum lainnya adalah potongan potongan-potongan Seni yang Suci, yang menonjol antara lain: patung the Sacred Heart of Jesus yang berasal dari awal abad ke-19, patung Our Lady of the Annunciation dan Kristus yang disalibkan, keduanya dalam gading dan berasal dari abad ke-18, keramik Jepang dan Eropa dengan monogram dari Pengikut Jesus, menceritakan kunci peranan Yesuit dalam persesuaian antara peradaban Timur dan Barat.