O Núcleo Museológico da Santa Casa, inaugurado em 2001, contém uma colecção de relíquias católicas e objectos de Arte Sacra de valor incalculável, com peças que datam t do século XVI e que testemunham o percurso da cultura ocidental introduzida na China através de Macau.

Encontram-se aqui as peças ligadas à história da própria Santa Casa, com particular destaque para o Compromisso Misericórdia de Macau, referenciado na própria obra como ordenado e aceitado em Janeiro de 1627, um documento que é dado como tendo sido manuscrito no ano 1662, e o mais antigo existente nos arquivos, fundada alguns anos antes, em 1569, pelo primeiro Bispo de Macau, D. Belchior Carneiro.

Outras peças relevantes da história secular da Santa Casa da Misericórdía são: Caveira do D. Belchior Carneiro e a Cruz com que foi sepultado: o retrato a óleo de corpo inteiro do D. Belchior Carneiro, que data do século XVIII; e o sino bronze do antigo Hospital S. Rafael.

Outro aspecto do museu prende-se com as peças Arte Sacra, entre as quais se destacam: a estátua do Sagrado Coração de Jesus dos princípios do século XIX de produção local; as estátuas de Nossa Senhora da Anunciação e do Cristo Crucificado, ambas em marfim e do século XVIII, de produção indo-portuguesa, predominando as cores branca e azul com dourado por vezes, nas quais a mestiçagem cultural luso-oriental é eloquente mesmo nas feições das imagens; e os variados exemplares de porcelana e de cerâmica chinesa, japonesa e europeia com o monograma da Companhia Jesus, demonstrativos do papel fundamental desempenhado pelos jesuítas na aproximação entre as civilizações oriental e ocidental.